Иоганн Маттеус Бехштейн родился в герцогстве Гота, посещал гимназию в Готе, а затем изучал богословие в Йене; в 1785 году Бехштейн стал преподавать естествознание и математику в Зальцмановском институте (нем. Salzmannschule Schnepfenthal) в пригороде Вальтерсхаузена.Впервые обратил на себя внимание сочинением: «Gemeinnutzige Naturgeschichte Deutschlands» (4 тома, Лейпциг, 1789—1795; 2-е изд., 1801—1809).Так как предложенный им в 1791 году герцогу Готскому план учебного заведения для преподавания лесоведения не был принят, то он в 1794 году сам основал такое учебное заведение в имении Кемнат близ Вальтерсгаузена.
В то же время он основал лесное и охотничье общество, которое издавало свои записки (Annalen) и журнал «Диана» . Несмотря на то, что учебное заведение его было прекрасно организовано, Бехштейн не мог получить от правительства никакой поддержки для него и потому принял предложение занять место директора во вновь устроенной Мейнингенской лесной академии. Среди предметов его интереса была и аквариумистика. Бехштейн держал в научных целях большое количество рыб и земноводных.