Лилли училась в мюнхенской гимназии и изучала языки в Гейдельбергском университете.
В 1919 году вступила в Коммунистическую партию Германии. Работала в мюнхенских издательствах и в газете Die Rote Fahne в Берлине.
В 1922—1923 годах возглавляла женское отделение КПГ в округе Берлин-Нойкёльн.
В 1924—1926 годах возглавляла учреждённый ею женский журнал Die Arbeiterin и работала корректором и редактором в издательстве Neuer Deutscher Verlag.
В 1932—1933 годах занимала должность шеф-редактора газеты Arbeiter Illustrierte Zeitung.
В 1933—1934 годах проживала в Вене, а затем до 1936 года работала в издательстве Editions du Carrefour в Париже, где и познакомилась со своим будущим мужем Иоганнесом Бехером.
В 1936 году Лилли Бехер опубликовала первые документы о преследовании евреев национал-социалистами под названием «Жёлтое пятно» .
До 1945 года Лилли Бехер проживала в Москве и работала переводчиком в государственном издательстве, а также в журнале «Иностранная литература» и немецком отделе Московского радио и Национальном комитете «Свободная Германия» .По возвращении в Германию вступила в ряды Социалистической единой партии Германии.
В 1945—1950 годах занимала должность шеф-редактора в Neue Berliner Illustrierte. После смерти мужа в 1958 году возглавила носивший его имя архив в Берлинской академии художеств.