Родился 19 июля 1941 года в Москве.
В 1964 году — окончил биологический факультет Московского государственного педагогического института им. В. И. Ленина.
С 1965 по 1994 годы — работал в Институте медицинской паразитологии и тропической медицины (ИМПиТМ), пройдя путь от младшего научного сотрудника до заведующего отделением экологии и биологии гельминтов. Научную деятельность начал как арахнолог, опубликовав ряд статей (по фауне Московской и Мурманской областей) и консультируя затем по этим вопросам других учёных.
В 1983 году — защитил докторскую диссертацию.
В 1991 году — присвоено учёное звание профессора.
С 1994 года и до последних дней работал в Центре паразитологии Института проблем экологии и эволюции имени А. Н. Северцова РАН (ИПЭЭ РАН) (ранее Институт паразитологии РАН (ИНПА РАН), а ещё ранее — Гельминтологическая лаборатория АН СССР (ГЕЛАН), созданная академиком К. И. Скрябиным).
В 1995 году — избран академиком РАЕН.
С 2001 по 2011 год — возглавлял Лабораторию экологических проблем паразитологии.Умер 18 сентября 2014 года в Москве. Теоретическая и прикладная общая и медицинская паразитология.
В 1992 году, в период резкого обострения ситуации по церкариозу в Москве, С. А. Беэр осуществил экспериментальное самозаражение «с целью установления возможности, скорости и интенсивности внедрения в кожу церкарий шистосоматид в Московских водоемах, последующего анализа изменений ряда биохимических параметров крови и получения сывороток крови (в динамике) для последующей разработки иммунодиагностической тест-системы» .
В соавторстве обоснована закономерность формирования паразитарного загрязнения среды в урбанизированных экосистемах. Получен диплом на открытие № 118, выданный Международной ассоциацией авторов научных открытий. Открытие опубликовано в сборнике научных открытий Мѕ С-Пб. 2000. С. 22-26 (М. Д. Сонин, С. А. Беэр, В. А. Ройтман).