Эрнст Бэдиан родился в Вене 8 августа 1925 года, но уже в 1938 году, ввиду усилившихся гонений на евреев в Австрии и Германии, был вынужден переехать с родителями в Новую Зеландию. Там в колледже Кентербери в 1945 году он получил степень бакалавра гуманитарных наук, а через год степень магистра гуманитарных наук. Затем Бэдиан перевелся в Оксфордский университет в Англии, где получил ещё одну степень бакалавра гуманитарных наук в 1950 году, а затем и магистра в 1954 году.
В 1956 году Бэдиан защитил докторскую диссертацию под руководством Рональда Сайма, профессора древней истории Оксфордского университета.Бэдиан преподавал в университетах Шеффилда, Дарема и Лидса в Британии и в университете штата Нью-Йорк в Буффало.
В 1971 году он был назначен на кафедру истории в Гарварде, а в 1973 году на кафедру античной истории. Через 25 лет, в 1998 году Бэдиан стал эмеритом.Эрнст Бэдиан умер 1 февраля 2011 года, когда ему было 85 лет.