Первоначально работал в области всеобщей истории, почти вся его карьера была связана с Колумбийским университетом. Во время Первой мировой войны был сторонником вступления США в войну на стороне Антанты против Германии, но в конце 1930-х годов начал защищать внешнюю политику Германии и до конца жизни относился с симпатией к нацистскому режиму[уточнить].
До Второй мировой войны Барнз успел получить признание в научном мире и высокие академические достижения, но позже оказался вне научного сообщества ввиду своих прогерманских взглядов и последующего отрицания Холокоста, одним из основоположников которого он являлся. Отрицание Холокоста Барнза сформировалось на основе мифа о том, что большинство евреев уцелело, переехав в другие страны.
В 1968 году Барнс обвинил Израиль в получении денег от Германии за вымышленные еврейские трупы.После 1945 года ни один издатель не хотел публиковать работы Барнза, поэтому он издавал их на собственные средства.Барнз известен также как теоретик либертарианства.