С 1874 года Барденгейер работал главным хирургом гражданского госпиталя в Кёльне, с 1884 года являлся профессором, а в 1904—1907 годах директором Академии практической медицины.
В 1891—1902 годах его ассистентом и заместителем являлся Альберт Плюккер.Барденгейер разработал новую систему лечения переломов посредством вытяжения и ввёл новые методики операций и внёс значительный вклад в урологию. 13 января 1887 года Барденгейер провёл первую общую цистэктомию.Собрание медицинской литературы Барденгейера составляло 10 тыс. томов и до 1933 года находилось в библиотеке гражданского госпиталя в Кёльне.