Юргис Балтрушайтис родился в Ковенской губернии в семье литовских крестьян. Учился в Ковенской гимназии (1885—1893) и на естественном отделении физико-математического факультета Московского университета (1893—1898); одновременно посещал лекции на историко-филологическом факультете. Сблизился с С. А. Поляковым, учившимся на математическом отделении физико-математического факультета, и через него познакомился с К. Д. Бальмонтом и В. Я. Брюсовым, позднее с В. И. Ивановым; друг и почитатель поэта и композитора А. Н. Скрябина.
В августе 1899 тайно венчался с Марией Ивановной Оловянишниковой (1878—1948), двоюродной сестрой Елизаветы Александровны Дьяконовой (автор «Дневника русской женщины» ).Дебютировал в печати осенью 1899. Вместе с Поляковым, Брюсовым и Бальмонтом основал издательство «Скорпион» , деятельность которого началась изданием совместного перевода Балтрушайтиса и Полякова драмы Генрика Ибсена «Когда мы, мёртвые, проснёмся» .Был сотрудником альманаха «Северные цветы» , журнала «Весы» . Позднее выступал в газете «Русь» , в журналах «Правда» , «Золотое руно» , «Русская мысль» , «Русские ведомости» , «Заветы» (1912—1914), «Северные записки» , в английском журнале «The Mask» (1913).Член литературного бюро Театра-студии МХТ (1905), принимал участие в работе Свободного театре во главе с К. А. Марджановым, МХТ, Камерного театра.Подолгу жил за границей (Италия, Скандинавские страны, Германия).Афиша вечера А. Н. Скрябина и Ю. К. БалтрушайтисаРаботал в Лито Наркомпроса (1918), был председателем Московского Союза писателей (1919), участвовал в работе издательства «Всемирная литература» .
С 1920 представитель (вначале формально советник так и не назначенного представителя) Литовской Республики в Москве, с 27 апреля 1921 в ранге поверенного в делах (charge d"affaires), с 1922 — чрезвычайный и полномочный посол. Одновременно представитель Литвы в Турции (1932) и Персии (1933). Содействовал выезду за рубеж деятелей русской культуры.Почётный доктор Университета Витовта Великого в Каунасе (1932).
В апреле 1939 уехал из России, получив назначение советником посольства Литвы в Париже.
В Париже, куда раньше переехал его сын Юргис Балтрушайтис-младший, историк искусства, прошли последние годы жизни. Умер в Париже, похоронен на кладбище Мон Руж.