Хуан Рамон участвовал в борьбе против британского вторжения в 1807 году и в военной кампании в Перу 1812 года под командованием генерала Мануэля Бельграно. Занимал должность губернатора Буэнос-Айреса с 1818 до 1820 года.
В годы правления де Росаса занимал пост министра обороны.
В 1832 году он снова был избран губернатором Буэнос-Айреса. 11 октября 1833 года состоялся судебный процесс против де Росаса.
В это время под стенами резиденции губернатора собралась большая толпа гаучо и бедняков, которые требовали освобождения Росаса из-под стражи и отставки Балькарсе. Войска, которые должны были сдерживать толпу, повернули оружие против правительства и присоединились к народу. Балькарсе был отдан под суд, а его место занял Хуан Хосе Вьямонте. Балькарсе был заключен и умер в ссылке в Консепсьон-дель-Уругвай.