Бернт Балхен родился в городе Твейт, коммуна Кристиансанн на юге Норвегии. Его отец Лаурит Балхен (1869—1912) был местным врачом, мать — Дагни Дитрихсон (1879—1954). Благодаря отцу Бернт был приучен с детства любви к природе и проводил много времени в туристических походах, занимался охотой, рыбалкой и катанием на лыжах. Во время Первой мировой войны он нёс службу сперва в составе Французского Иностранного легиона, в после и в норвежской армии.
В 1918 году отправился добровольцем в Финляндию, где разразилась гражданская война. Сражаясь против «красной гвардии» он был серьезно ранен.После этого Балхен был отправлен в Норвегию для лечения штыковых ран, которые он получил в бою кавалерии. Во время реабилитации он начал активно тренироваться и к 1920 году стал кандидатом в боксёрскую команду Норвегии на Летние Олимпийские игры 1920 года. Параллельно с этим он подал прошение о зачислении его в состав ВМФ Норвегии. По иронии судьбы ответ об утверждении его кандидатуры от Олимпийского комитета и ВМФ Норвегии пришли одновременно и Балхен сделал выбор в пользу службы в армии.После этого он был отправлен служить в составе военно-морских сил Норвегии, а в 1924 стал лётчиком-испытателем.