Сезар Бальдаччини родился в Марселе 1 января 1921. Родители Сезара были итальянскими иммигрантами, отец — бочар и виноторговец.
В 1933 он бросил школу, в 1935—1943 учился в Школе изящных искусств в Марселе (вечернее обучение), затем с 1941 по 1954 (с перерывами) в Национальной школе изящных искусств в Париже.
В 1956 Сезар принял участие в Венецианской биеннале, затем в Биеннале Сан-Пауло, а также в Документе II в 1959.
В 1960 Сезар вошел в объединение «Новый реализм» , созданное Пьером Рестани (в группу также входили такие художники, как Жан Тэнгли, Ив Кляйн, Христо и другие). Многогранное творчество художника нашло международное признание ещё при его жизни. Став известным, Сезар вел довольно экстравагантную жизнь, в 1971 только Сальвадор Дали, мастер провокации, привлекал больше внимания французской прессы, чем Бальдаччини.
В 1976 Сезар был удостоен ордена Почетного легиона. Умер Сезар Бальдаччини 6 декабря 1998 в Париже. Похоронен на кладбище Монпарнас, участок 11, недалеко от могилы Хулио Кортасара.