Гасан-ага Бакиханов родился 8 мая 1833 года в городе Губа в семье подпоручика Русской Армии Джафар-Кули-ага Бакиханова. Окончив в 14 лет Тифлисский кадетский корпус, Гасан-ага для повышения военного образование поступает в Петербургский пажеский корпус. Окончив с отличием корпус был направлен для продолжения дальнейшей военной службы в Отдельный Кавказский корпус. Неоднократно участвовал в походах, за отличие в которых награждался орденами и медалями.
В 1856 году Гасан-ага Бахиханов женился на Зибюи Ниса-бегюм, дочери своего дяди Аббас-Кули-ага Бакиханова, а в 1869 году на Умми-Селемэ-ханум, дочери Хаджи-Кадир-аги.
В 1880 году в чине генерал-майора вышел в отставку и до конца жизни прожил в городе Губа. Скончался 28 ноября 1898 года.