Родился 5 сентября 1892 года в Баку. Педагогическую деятельность начал с 1920 года.
В 1920—30-х гг. создал ряд музыкальных ансамблей.
С 1930 года по приглашению видного азербайджанского композитора Узеира Гаджибекова начал преподавать мугам в Азербайджанской государственной консерватории.
В 1941 году по инициативе Гаджибекова создал ансамбль народных инструментов и был его руководителем до конца жизни. Этот ансамбль давал большие концертные программы с такими мастерами мугама, как Сеид Шушинский, Гусейнкули Сарабский, Джаббар Каръягдыоглы, Зульфугар Адигёзалов и другие.Бакиханов составил, программу по мугаму для музыкальных школ. Является автором-составителем сборников «Азербайджанские народные рэнги» (1964), «Азербайджанские ритмические мугамы» (1968), «Мугам, песня, ранг» (1975).26 марта 1973 года Ахмедов Бакиханов скончался.