Родился 1 (13) октября 1880 года в городе Зарайск Рязанской губернии. Учился в городском училище. Затем вместе с семьёй переехал в Царское Село, где с золотой медалью окончил Царскосельскую гимназию.
В 1901 году поступил в Петербургский университет, но в 1902 году был исключён за участие в студенческих беспорядках.
В том же году поступил в Петербургский горный институт, который окончил в 1909 году.
С 1909 по 1921 год работал ассистентом на кафедре маркшейдерского дела, помощником В. И. Баумана.
В 1917 году в Свято-Духовской церкви посёлка Келломяки (Комарово) венчался с учительницей Марией Алексеевной Егоровой.
В 1921 году избран профессором маркшейдерского дела Ленинградского горного института.
В 1923 году, после смерти Баумана, возглавил кафедру маркшейдерского дела.
В 1932 году организовал в Ленинграде Центральное научно-исследовательское маркшейдерское бюро (позднее — Центральный научно-исследовательский маркшейдерский институт).Написал ряд крупных работ по маркшейдерскому делу. Автор теории интерпретации данных магнитной разведки и теории уравнивания маркшейдерских сетей. Разработал методы магнитной микросъёмки для маркшейдерских целей. Среди учеников И. М. Бахурина профессора С. Г. Авершин, Д. А. Казаковский и другие крупные научные работники.