Ваган Вачеевич Багратуни родился 12 марта 1938 года в Ереване в артистической семье.
В 1960 году окончил Ереванский художественно-театральный институт по специальности актёр драматического театра.
В 1964 году окончил факультет режиссуры музыкального театра ГИТИСа.
С 1964 года, работал режиссёром в Cаратовском театре оперы и балета, преподавал в Саратовской консерватории.
В 1967—1974 годах был главным режисcёром Государственного академического театра оперы и балета имени А. А. Спендиарова в Ереване.
В марте 1974 года его пригласили в Новосибирский театр оперы и балета на постановку оперы П. И. Чайковского «Орлеанская дева» и в 1974—1988 годах был главным режиссёром Новосибирского театра. Осуществил в Новосибирске более 20 оперных постановок, большие концертные программы. Кроме этого в 1981—1988 годы преподавал в Новосибирской консерватории, был профессором кафедры оперной подготовки.
С 1988 года до конца жизни жил и работал на родине в Ереване.Осуществил ряд постановок в Донецке, Улан-Баторе, Стамбуле и других городах.Умер 1 июля 1991 года в Ереване.