Первый арестРаиф был впервые задержан по обвинению в вероотступничестве в 2008 году, но был отпущен на свободу, проведя целый день на допросе. Правительство Саудовской Аравии запретило ему выезд из страны и заморозило его банковский счёт в 2009 году. Семья Инсаф Хайдар, супруги Раифа, подала заявление в суд, требуя принудительного развода пары на основании предполагаемого вероотступничества Раифа.Второй арест17 июня 2012 года Раиф был арестован по обвинению в оскорблении ислама через каналы электронной связи.
В декабре того же года он был вызван в суд в качестве ответчика по обвинению в вероотступничестве (признание вины по такому обвинению в Саудовской Аравии автоматически ведёт к смертной казни). Правозащитная организация Human Rights Watch заявила, что сайт Раифа Бадави содержал материалы, в которых критиковались «высшие религиозные деятели» . Раиф также высказывал мнение, что Исламский университет имама Мухаммада ибн Сауда стал «логовом террористов» .Судебное разбирательство17 декабря 2012 года Бадави предстал перед окружным судом в Джидде по обвинению в «создании сайта, подрывающего общую безопасность» , «высмеивающего исламских религиозных деятелей» и «выходящего за рамки послушания» . Судья перенаправил дело в суд более высокой инстанции для рассмотрения обвинений в вероотступничестве, заявив, что он «не может вынести вердикта по делу о вероотступничестве» . 22 декабря суд Джидды принял дело о вероотступничестве на рассмотрение, однако впоследствии отказался от слушания дела и вернул его в окружной суд.Приговор30 июля 2013 года СМИ Саудовской Аравии сообщили о том, что Раиф Бадави был приговорен к семи годам лишения свободы и 600 ударам плетью за создание веб-форума, который «попирает исламские ценности и пропагандирует либеральные идеи» . Суд также распорядился закрыть сайт.26 декабря 2013 года супруга Раифа Бадави сообщила CNN, что судья рекомендовал направить дело по обвинению в вероотступничестве в верховный суд, что, в случае признания ответчика виновным, приведёт к вынесению смертного приговора.Адвокат Раифа, Валид Абуль-Хайр, был заключен в тюрьму за создание правозащитной организации Monitor of Human Rights in Saudi Arabia.
Он был обвинён в «создании неразрешённой организации» : его запросы на выдачу разрешения были отклонены.
В мае 2014 года появилось сообщение о том, что Раиф Бадави был приговорен к 10 годам тюремного заключения и 1000 ударов плетью, а также к штрафу в 1 миллион риялов за «оскорбление ислама» .9 января 2015 года на площади перед мечетью в Джидде, в присутствии сотен очевидцев, ему было нанесено 50 из 1000 ударов, которые должны были наноситься в течение следующих 20 недель.
Это происшествие было осуждено заместителем директора программ «Международной амнистии» по Ближнему Востоку и Северной Африке, Саидом Бумедуха: «Порка Раифа Бадави — это порочный акт жестокости, запрещённый международным правом. Проигнорировав международные призывы отменить порку, власти Саудовской Аравии продемонстрировали вызывающее отвращение безразличие к наиболее фундаментальным принципам прав человека» . Анна Сент-Мари, официальный представитель канадского отделения «Международной амнистии» и близкая подруга супруги Раифа, утверждает, что он не сможет пережить такое количество ударов.
В июне 2015 года суд подтвердил приговор Раифу, включая избиение плетью.