Родился 17 февраля 1720 года в Вене. Старший сын Генриха Йозефа Йоханна фон Ауэршперга (1697—1783), 4-го имперского князя фон Ауэршперга и 4-го герцога фон Мюнстерберга (1713—1783), от первого брака с Марией Доминикой фон унд цу Лихтенштейн (1698—1724), дочерью князя Иоганна Адама I, князя Лихтенштейна.22 мая 1744 года Карл Йозеф Антон фон Ауэршперг женился на графине Марии Жозефине Антонине фон Траутзон-Фалькенштейн (1724—1792), дочери графа Иоганна Вильгельма фон Траутзона. Благодаря этому браку, Ауэршперг получил во владение город Влашим в окрестностях Бенешова в Чехии. Занимал должности тайного советника и судебного пристава. Также он владел родовыми поместьями в Крайне. Был награжден Орденом Золотого руна.
В феврале 1783 года после смерти своего отца Карл Йозеф Антон фон Ауэршперг унаследовал титулы имперского князя фон Ауэршперга и герцога фон Мюнстербега в Силезии.
В 1791 году Карл Йозеф Антон фон Ауэршперг продал Мюнстербергское герцогство вместе с округом Зомбковице-Слёнске королю Пруссии Фридриху Вильгельму II за 450 000 венских гульденов (или 300 000 талеров). Контракт был подписан во Вроцлаве и Вене 14 ноября и 18 ноября 1791 года. Передача герцогства под контроль Пруссии произошла 21 октября 1791 года. 11 ноября 1791 года император Священной Римской империи Леопольд II Габсбург возвел поместье Готшее в Крайне (в настоящее время — Кочевье в Словении) в статус имперского герцогства.
Это была награда за продажу Мюнстербергского герцогства Пруссии.