Родился 10 февраля 1966 года в Москве. Принадлежит к крестьянскому роду Астайкиных, основатель которого, Карп Астайкин, в начале XIX века — житель села Симкино Пензенской губернии (совр. Большеберезниковский район, Республика Мордовия). Сын профессора Анатолия Ивановича Астайкина (род. 1941), внук Ивана Павловича Астайкина (1917—1987). Его дед в 1954-1971 был председателем Совета Министров Мордовской АССР, а затем (после смены его в этой должности А. И. Березиным), в 1971-1978 — председателем Президиума Верховного Совета Мордовской АССР и заместителем председателя Верховного Совета РСФСР.
Он был также депутатом всех съездов партии с XX по XXV включительно, представлен к многочисленным государственным наградам.
В 1983 году Андрей Астайкин закончил среднюю школу № 20 в г. Арзамас-16 Горьковской области (совр. г. Саров Нижегородской области).
В 1983-1984 и 1986-1987 годах учился на историческом факультете Мордовского государственного университета в Саранске (с перерывом на службу в Советской Армии в 1984-1986).Затем был переведён на исторический факультет МГУ имени М. В. Ломоносова, который закончил в 1991 году, попав в последний выпуск советских историков-медиевистов накануне окончательного распада СССР. Специализировался на кафедре истории СССР периода феодализма по военной истории Средневековой Руси, где его научным руководителем был доктор исторических наук Олег Михайлович Рапов (1939—2002). Тема дипломной работы — «Битва на реке Калке» .1994-1995 — обозреватель отдела истории ТОО «Ваш выбор. Центр исследования российских земель» .1995-2004 — редактор научного центра издательства «Институт ДИ-ДИК» (Фонд «Мир Льва Гумилёва» ).
В те же годы увлёкся монголистикой, кочевниковедением, а также составлением исторических карт.2004-2011 — ведущий специалист-старший редактор отдела исторической картографии, затем – заведующий отделом исторической картографии и исторической редакции Издательско-продюсерского центра «Дизайн. Информация. Картография» .
С июля 2011 — главный редактор исторической редакции ООО «Феория» .
С января 2017 — заместитель генерального директора по науке ООО «Издательство Интергрупп» , руководитель историко-картографического подразделения.
Карта сайта
