1992—1998 — учился в Ереванском государственном медицинском университете имени Мхитара Гераци по специальности «лечебное дело» .1998—2000 — клиническая ординатура того же вуза по специальности «судебная медицина» .2000—2003 — защитил кандидатскую диссертацию и получил учёную степень кандидата медицинских наук.2005 — окончил Московскую школу политических исследований.2007 — окончил Московский государственный институт международных отношений (МГИМО) по специальности «Менеджмент глобальных процессов» .1999—2000 — старший лаборант на кафедре судебной медицины Ереванского государственного медицинского университета.2002—2006 — помощник ректора Ереванского государственного медицинского университета.2005—2006 — советник ректора того же университета на общественных началах.2003 — ассистент кафедры биохимии Ереванского государственного медицинского университета.2006 — доцент кафедры биохимии Ереванского государственного медицинского университета.2005—2007 — депутат парламента Армении третьего созыва. Член постоянной комиссии по социальным вопросам, по вопросам здравоохранения и охраны природы. Член Республиканской партии Армении.12 мая 2007 года избран депутатом парламента Армении четвёртого созыва. Член постоянной комиссии по вопросам Евроинтеграции.
С сентября 2008 — председатель Постоянной комиссии НС по вопросам науки, образования, культуры, молодёжи и спорта.13 мая 2009 года назначен министром образования и науки Республики Армения.16 июня 2012 года переназначен на должность Министра образования и науки Республики Армения.8 мая 2013 года переназначен на должность Министра образования и науки Республики Армения.26 апреля 2014 года переназначен на должность Министра образования и науки Республики Армения.2004 — году выпустил свой первый сборник стихов «ГОЛОС» .2007 — первый сборник авторских песен «ЗА…» .
С 1996 года участвовал в спортивном «Что Где Когда» : был капитаном команды «Эребуни» .
С 2005 года — спонсор команды «РПА-ДАФ» , чемпиона Армении 2005—2009 годов, чемпиона Южного Кавказа 2005 года.Указом Президента Республики Армения от 28 декабря 2012 года награждён медалью Мовсеса Хоренаци. Кандидат медицинских наук, офицер запаса ВС РА.
В 1999—2003 годах был председателем молодёжного парламента ЕГМУ, в 2003—2005 годах — председателем молодёжной организации РПА.
В октябре 2010 года Армен Ашотян был награждён почетным орденом Российско-Армянского (Славянского) университета «за эффективную политическую деятельность, за новаторскую деятельность в сфере образования, за творческий и неординарный подход к решению задач, стоящих перед наукой и образованием, а также за постоянную поддержку РАУ» .Армен Ашотян является автором двух десятков научных работ и статей.Вице-председатель РПА, член Исполнительного совета РПА.Женат, имеет 2-х детей.