Владимир Андрунакиевич на почтовой марке Молдовы, посвящённой 100-летию со дня рождения математикаРодился в Петрограде, в районе Невская застава, в семье юриста Александра Константиновича Андрунакиевича (Андронаке, 1889—1943), уроженца Обрежи Бельцкого уезда Бессарабской губернии, и музыкального педагога Антонины Михайловны Стадницкой (1887—1943), уроженки Петербурга и племянницы митрополита Арсения (Авксентия Георгиевича Стадницкого) .
До 1936 года обучался в мужской румынской гимназии «Алеку Руссо» в Кишинёве. После окончания Ясского университета (1940) вернулся в ставшую советской Бессарабию, работал учителем математики в кишинёвской средней школе № 13.
В годы Великой Отечественной войны — в эвакуации в Краснодарском крае и в Казахстане (Джамбул), где умерли его родители.
В 1943—1946 годах учился в аспирантуре Московского университета у профессоров А. Г. Куроша и О. Ю. Шмидта, кандидатскую диссертацию защитил в 1946 году.
С 1947 года преподавал в Кишинёвском государственном университете и Кишинёвском государственном педагогическом институте им. Иона Крянгэ.
В 1953—1961 — доцент, затем заведующий кафедрой высшей математики (1953—1961) Московского химико-технологического института имени Д. И. Менделеева.
В 1961 возвратился в Кишинёв и в том же году первым из математиков был назначен академиком новосозданной Академии наук Молдавской ССР и первым директором Института физики и математики АН МССР (с 1964 года — Институт математики и Вычислительный центр АН МССР).
С 1991 года — на пенсии (почётный директор Института математики).