В 1930 году, завершив обучение на книготорговца, Андерш вступил в Коммунистическую партию Германии. За свою политическую деятельность в 1933 году Андерш был на 6 месяцев отправлен в концентрационный лагерь Дахау. После освобождения он покидает партию и вступает в фазу депрессии и полной интровертности. Именно в это время он впервые начинает заниматься искусством, приняв философию «внутренней эмиграции» — оставаясь в Германии, он в то же время духовно находится в оппозиции к гитлеровскому режиму.
В 1935 женится на Ангелике Альберт, из немецко-еврейской семьи, у них рождается дочь (развод с женой будет оформлен в 1943).
В 1940 году Андерш был призван в вермахт, но уже в 1941 году (вероятно, из-за еврейского происхождения жены) его исключают из рядов вермахта. Андерш вновь призван в 1943 году. 7 июня 1944 года он дезертирует близ Ориоло в Италии и сдаётся американцам.
Он был вывезен в США в качестве военнопленного и был интернирован в Camp Ruston в Луизиане и других лагерях.
В это время он становится редактором газеты для военнопленных Der Ruf («Зов» ).После возвращения в 1945 году в Германию Андерш работал помощником редактора Эриха Кестнера в мюнхенской Neue Zeitung.
В 1946—1947 годах он совместно с художником Хансом Рихтером работает над публикацией ежемесячного литературного журнала Der Ruf, который выходил в американской оккупационной зоне, пока не был запрещен американскими военными властями за нигилизм.
В последующие годы Андерш работал совместно с литературным кружком «Группа 47» , в который входили также писатели Ингеборг Бахман, Вольфганг Хильдесхаймер, Арно Шмидт, Ханс Магнус Энценсбергер и Гельмут Хайссенбюттель.
В 1948 году выходит в свет очерк «Deutsche Literatur in der Entscheidung» («Немецкая литература в решающий момент» ), в которой он приходит к выводу, в духе американской послевоенной программы «перевоспитания» , что литература будет играть решающую роль в моральных и интеллектуальных переменах в Германии.
С 1948 года Андерш занимал ведущие позиции на радиостанциях во Франкфурте и Гамбурге.
В 1950 году он женится на Гизеле Андерш (урождённой Дихганс).
В 1952 году выходит его автобиографическая работа «Die Kirschen der Freiheit» («Вишни свободы» ).
В ней Андерш размышляет над своим дезертирством и интерпретирует его как «поворотный момент» , в котором он смог впервые почувствовать себя свободным человеком. Сходной теме посвящена его, возможно, самая значительная работа — опубликованный в 1957 году рассказ «Занзибар, или Последняя причина» (Sansibar oder der letzte Grund).
На его основе в 1980-х годах был поставлен фильм, в 1994 году написана опера Э. Майера.
С 1958 года Андерш жил в Берцоне в Швейцарии.
В 1972 году он стал мэром этого городка. После «Занзибара» была написана «Рыжая» (Die Rote, 1960, экранизация «Рыжая» (1962), реж. Хельмут Койтнер) (переиздание в 1972), «Эфраим» в 1967, и, в 1974, «Winterspelt» («Винтерспельт» ), который тематически очень близок к «Занзибару» , но более сложен композиционно.
В 1977 году Андерш публикует антологию поэзии. Альфред Андерш умер 21 февраля 1980 года в Берцоне. Незавершенный рассказ «Der Vater eines Morders» («Отец убийцы» ) был опубликован в том же году посмертно.Могила Андерша