Самир Амин родился в Каире в семье медиков — египтянина и француженки. Своё детство и молодость провёл в Порт-Саиде.
В Каире Амин посещал французскую высшую школу, по окончании которой получил аттестат зрелости (фр. baccalaureat) в 1947 году.
С 1947 по 1957 год он учился в Париже, где получил дипломы в областях политических наук (1952), статистики (1956) и экономики (1957).Пребывая в Париже, Самир Амин вступил во Французскую коммунистическую партию, но впоследствии дистанцировался от советского марксизма и связался с маоистскими кругами, а на протяжении некоторого времени даже оказывал влияние на будущих лидеров «красных кхмеров» .
С группой товарищей-студентов Амин издавал журнал «Антиколониальное студенчество» (Etudiants Anticolonialistes).
В 1957 г. он представил свою диссертацию, одним из научных руководителей которой был Франсуа Перру. Первоначально она носила название «Истоки недоразвитости — капиталистическое накопление в мировом масштабе» , но впоследствии была переименована следующим образом: «Структурные эффекты международной интеграции докапиталистических экономик. Теоретическое исследование механизма, порождающего так называемые недоразвитые экономики» .После защиты диссертации Амин вернулся в Каир, где с 1957 по 1960 год сотрудничал с министерством экономики Египта и был управляющим в Etudes de l"Organisme de Developpement Economique. Затем он покинул Египет и выехал в Бамако, где ему была предложена должность советника при министерстве планирования Мали, которую Амин занимал в 1960—1963 годах.
В 1963—1980 годах он работал в Африканском институте ООН по экономическому развитию и планированию (Institut Africain de Developpement Economique et de Planification; IDEP), расквартированном в столице Сенегала Дакаре.
До 1970 года он совмещал эту работу с преподавательской деятельностью в университетах Пуатье, Дакара и Парижа.
В 1970 году Амин возглавил IDEP и оставался его директором до 1980 года, когда он покинул своё учреждение и был приглашён на должность директора Форума Третьего мира в Дакаре.Директор Форума третьего мира (Дакар). Входил в редколлегию журнала «Review of International Political Economy» .