Корни семейства Амбарцумовых восходят к армянскому роду Амбарцумянц. Отец — Амбарцум Егорович (Григорьевич, Крикорович) Амбарцумов, почётный гражданин города Шемахи Бакинской губернии, благотворитель, сподвижник основателя обучения глухонемых в России Фёдора Андреевича Рау, основатель и владелец частной школы для глухонемых в Саратове; племянник Саркиса Амбарцумянца, основавшего в Шемахе первую лютеранскую общину. Мать — Каролина Андреевна Кноблох, немка по происхождению, лютеранка по вероисповеданию.Духовные и религиозные традиции родителей с детства взрастили во Владимире непоколебимую веру. После переезда родителей в Москву в конце 1890-х годов он обучался в московском Петропавловском мужском училище при лютеранской церкви свв. Петра и Павла.После окончания училища в 1911 году поступил на физико-математический факультет Московского университета, где проучился три семестра и в марте 1913 года по настоянию матери переехал для продолжения образования в Германию. Однако, прожив в Берлине около года, вернулся в Россию. Как позднее стало известно, поезд, увёзший юношу на родину, был последним из Германии в Россию — началась Первая мировая война.
В июле 1914 года Владимир вновь поступил на физико-математический факультет Московского университета.
В годы обучения в университете Владимир стал членом Христианского студенческого кружка и перешёл из лютеранства в баптизм.
В кружке он познакомился с Валентиной Георгиевной Алексеевой, на которой женился в 1916 году.
В конце 1919 года из-за голода в Москве семья переехала в Самару, где Владимир Амбарцумович стал работать сотрудником музея и сблизился с Владимиром Филимоновичем Марцинковским, по благословению патриарха Тихона проводившим активную проповедническую деятельность среди учащейся молодёжи.
В 1920 году В. А. Амбарцумов был первый раз арестован и перевезён в Москву, через пять недель его освободили с подпиской о невыезде из столицы.
В середине 1920-х годов он познакомился с Валентином Свенцицким и под его влиянием к 1926 году принял православие.
В конце 1927 года был направлен в город Глазов к епископу Ижевскому Виктору, 4 декабря в кафедральном Преображенском соборе рукоположен во диакона, 11 декабря — во иерея и определён на служение к Георгиевской церкви Глазова. Через две недели был переведён на службу в Московскую епархию настоятелем московского Князе-Владимирского храма в Старосадском переулке. Будучи не согласен с церковной политикой митрополита Сергия (Страгородского), уволился за штат. Затем он был настоятелем храма Св. Николая у Соломенной Сторожки.