Сусанна Бабкеновна Аматуни родилась 28 февраля 1924 года в Ереване в семье начальника VI отделения Закавказской железной дороги Бабкена Аматуни и учительницы русского языка Елизаветы Герасимовны (Карапетовны) Аматуни.
В 1941—1943 годах училась и окончила с отличием физико-математический факультет Ленинаканского педагогического института, а в 1944 году — Ленинаканское музыкальное училище им. Кара-Мурзы по классу фортепиано. Впоследствии в 1945—1950 годах С.Аматуни училась в Москве, в Институте им. Гнесиных на теоретическо-композиторском факультете.
С 1951 по 1968 год С.Аматуни преподавала музыкально-теоретические дисциплины в Ереванской музыкальной школе имени П. И. Чайковского, а с 1966 по 2010 в Ереванской государственной консерватории читала курс методики обучения игре на фортепиано, а также специальный курс анализа музыкальных произведений.
С 1990 года доцент, с 1997 года — профессор кафедры теории музыки.
С 1987 года член Союза композиторов и музыковедов Армении.
В 1988 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата искусствоведения, представив монографию «Арно Бабаджанян: Инструментальное творчество: Исследование» .Сусанна Бабкеновна Аматуни — автор более 50 научных статей. Участвовала в научных конференциях в Москве, в Ленинграде, в Тбилиси и в Ереване. Автор книг: «Арно Бабаджанян: Инструментальное творчество: Исследование» , «Жизнь и творчество Гегуни Читчян» (Ереван, 2003), учебников «Музыкальная литература. Учебник для 6 класса музыкальной школы.» , «Музыкальная литература. Учебник для 7 класса музыкальной школы.» (1-е и 2-е изд), ряда пособий. Темы её исследований включали в себя анализ мелодических и стилистических особенностей музыки Саят-Новы, Комитаса, Арно Бабаджаняна, Анушавана Тер-Гевондяна, Аро Степаняна, Гегуни Читчян и других композиторов.