Родился в дворянской семье.Амари получил юридическое и экономическое образование с акцентом на политэкономию.Совместно с видным итальянским экономистом Франческо Феррарой стал издавать в 1838 году в своём родном городе «Статистический журнал» (ит. «Giornale de Statistica» ).Помимо этого, Эмерико Амари издал отдельно заметный труд под заголовком «О природе и успехах промышленности» .События в Палермо (1848)В 1841 году Эмерико Амари получил должность профессора уголовного права при Палермском университете, где написал «Трактат о теории прогресса» .
В 1842 году Амари получил назначение на должность директора палермитанской тюрьмы, однако за участие в республиканских движениях 1847 и 1848 годов был арестован сам.Выбранный потом в парламент, он занимал в нём должность вице-президента. Когда снова вспыхнул конфликт между неаполитанскими войсками и сицилийцами (23 марта 1849 года), Амари поспешил опять на свой родной остров, но скоро вынужден был бежать.Отсюда он снова возвратился в Сардинское королевство, где прожил 12 лет.
К этому периоду относится его наиболее значимая работа - «Critica di una scienza delle legislazioni comparate» (Генуя, 1857).
В 1861 году Амари снова вернулся в Италию и в 1867 году был во второй раз избран в Парламент Италии.Эмерико Амари скончался 20 сентября 1870 года в Палермо в возрасте шестидесяти лет.После его смерти, в родном городе ему была воздвигнута статуя, а одна из улиц Палермо была названа в его честь.