Карл Алнор родился 7 февраля 1891 года в Киле; он окончил местную среднюю школу (в районе «Gaarden» ), после чего — учился в Кильском университете, где в 1914 году защитил диссертацию по истории Фленсбурга и стал кандидатом исторических наук. 4 августа 1914 года он добровольно отправился на фронт Первой мировой войны в звании лейтенанта; в октябре 1914 года — в бою в районе Лангемарка в Западной Фландрии — он был тяжело ранен.Карл Алнор закончил свою стажировку в Киле в 1919 году и стал преподавателем — занимал данный пост до 1933.
В этот период он был близок к этноцентрической группе «Volks- und Kulturbodenforschung» , занимавшийся исследованием геополитических проблем и вопросов социальной политики: его особенно интересовали пограничные вопросы и вопросы о национальных меньшинствах в Северном Шлезвиге.
В июле 1933 года Алнор стал профессором немецкой истории, методологии преподавания истории и исследований границ (Professor fur Deutsche Geschichte, Methodik des Geschichtsunterrichts und Grenzlandkunde) в Кильском педагогическом университете.
В 1933 году Алнор присоединился к Национал-социалистической немецкой рабочей партии и Штурмовым отрядам, затем он стал членом Национал-социалистического союза учителей. 11 ноября 1933 года он был среди более 900 ученых и преподавателей немецких университетов и вузов, подписавших «Заявление профессоров о поддержке Адольфа Гитлера и национал-социалистического государства» . Алнор работал над книгой «Национал-социалистическая образовательная идея в школьном образовании» (Die nationalsozialistische Erziehungsidee im Schulunterricht) и написал два тома об уроках истории, а также — разработал учебный план для уроков истории в начальных школах. Вероятно, его программа была претворена в жизнь в университете в 1937 году.
В рамках своей концепции, Алнор разделил немецкую историю на новые этапы, снабдив их такими заголовками-лозунгами как «Кровь и почва» , «Раса, Пространство, Рейх» и так далее.
С 1937 года Алнор, совместно с Карлом Морицем Александром Эдельманном (1891—1973), редактировал историко-дидактический журнал «Vergangenheit und Gegenwart» (Прошлое и Настоящее).Будучи офицером запаса, Алнор в начале Второй мировой войны стал участником Французской кампании 1940 года: 8 июня он погиб во Франции.