Родился 31 марта 1937 года во французском городе Париже.
С 1975 по 1976 год преподавал физику в Массачусетском технологическом институте.
С 1988 по 1992 год был советником министра образования Франции Лионеля Жоспена.
С 1992 по 1997 год Клод Аллегр занимал руководящие должности в лаборатории геохимии в Институте физики Земли в Париже.
В 1997 год был назначен на должность министра образования Франции во время президентства Жака Ширака.
В 2000 году его на этой должности сменил Жак Ланг.Член Французской академии наук (1995).Иностранный член НАН США (1985) и Лондонского королевского общества (2002). Иностранный почётный член Американской академии искусств и наук (1987). Лауреат премий В. М. Гольдшмидта (1986) и Крафорда (1986). Отмечен медалью Волластона Геологического общества Лондона (1987), Золотой медалью Национального центра научных исследований (1994), а также William Bowie Medal[en] (1995).Поставил свою подпись под «Предупреждением учёных человечеству» (1992).Клод Алегр является одним из самых известных скептиков по вопросам касающихся глобального потепления.
Он сравнивает сторонников этой концепции с религиозными фанатиками и утверждает, что такого явления как «глобальное потепление» на планете Земля не существует. Также Алегр выступает с резкой критикой американского политика Альберта Гора, который борется с глобальным потеплением.
Он заявляет, что за А. Гором стоят финансовые интересы определённых корпораций.Критически относится к французской системе образования.