Мать - Margarete Heil Eisner, отец — Hans Eisner, химик-фармацевт, работавший совместно с Нобелевским лауреатом Фрицом Габером («отцом химического оружия» ) в Кайзеровском институте в Берлине (Kaiser Wilhelm Institute for Electrochemistry). После прихода к власти Гитлера, их семья вынуждена была уехать в Барселону, потом из-за Гражданской войны, начавшейся в Испании — в Уругвай, а в 1947 — в США. Обучался в Гарвардском университете, где изучал муравьёв вместе с мирмекологом, Эдвардом Уилсоном, совершал с ним совместные поездки в исследовательских целях.
В будущем они совместно издали несколько научных трудов. Степень бакалавара получил в 1951 году, а докторскую диссертацию защитил в 1955 году, и в том же году приступил к работе в Корнеллском университете, который когда-то отверг его в качестве студента.
В эти же годы женился, его супругой стала сотрудница его лаборатории Maria Eisner.
В 1964 году помог основать кафедру нейробиологии и поведения (Department of Neurobiology and Behavior), на которой проработал до самой смерти. Умер он от болезни Паркинсона.Известен как «отец химической экологии» . Занимал должность профессора (Jacob Gould Schurman Professor) химической экологии в Корнеллском университете и директора «Cornell Institute for Research in Chemical Ecology» (CIRCE). Эйснер был крупным специалистом по поведению животных, экологии, мирмекологии и эволюционому учению. Вместе со своим коллегой, Jerrold Meinwald, был пионером новой научной дисциплины, химической экологии.Член Национальной академии наук США и Американской академии искусств и наук (обеих - с 1969), Американского философского общества и Леопольдины (обеих - с 1986), иностранный член Лондонского королевского общества (1997) и Европейской Академии (19945).Эйснер был горячим защитником окружающей среды и природных ресурсов, работал в совете директоров Национального Одюбоновского общества, National Scientific Council of the Nature Conservancy, Union of Concerned Scientists[en], World Resources Institute Council, а также был активным членом многих научных организаций.Подписал «Предупреждение человечеству» (1992).Кроме академической работы Айснер увлекался фотографированием природы, игрой на фортепиано, снял научно-популярный фильм «Secret Weapons» , который выиграл «Grand Award» на New York Film Festival и был назван Лучшим научным фильмом (Best Science Film) Британской ассоциацией продвижения науки (British Association for the Advancement of Science). Его книга «For The Love of Insects» в 2004 году получила приз «Best Science Book» от имени «Independent Publisher Book Awards» и премию «Louis Thomas Prize for Writing» .Почётный доктор Вюрцбургского (1982), Цюрихского (1983), Гётеборгского (1989), Дрексельского (1992) университетов.