Герберт Шильд родился 23 ноября 1938 в Мюнхене как внебрачный сын.
В 1960 году был усыновлен родным отцом, с тех пор носит имя Ахтернбуш.
С 5 лет жил у бабушки под Деггендорфом в Баварском лесу, посещаал там народную школу и гимназию, которую закончил в 1960 году.
В течение нескольких семестров изучал искусство в Нюрнберге и Мюнхене и начал заниматься живописью, скульптурой, попробовал себя в литературе, финансируя всё это за счёт случайных заработков.
В 1962 году женился на Герде, преподавательнице искусства, которая родила четверых детей.
В 1964 году вышло первое издание его стихов.
С 1969 года книги Ахтернбуша выходят в престижном издательстве «Зуркамп» .
В начале 70-х гг. он снял первые короткометражные фильмы.
В 1973 году познакомился с Вернером Херцогом (для которого написал сценарий фильма «Сердце из стекла» ), Фолькером Шлендорфом и Маргаретой фон Троттой, снимался в их фильмах.
В 1974 году под влиянием этих знакомств написал сценарий своего первого полнометражного фильма «Андехское чувство» . Его продюсером выступил Шлендорф, Маргарета фон Тротта исполнила главную, а сам Ахтернбуш, как и во всех последующих фильмах, центральную роль.
С тех пор регулярно снимает фильмы в качестве сценариста, режиссёра, главного исполнителя, продюсера, а иногда и прокатчика. По содержанию и стилю они опираются на его оригинальную прозу и — наряду со статьями о других режиссёрах, таких как Куросава, Валентин, Фасбиндер и Херцог — являются важной составляющей его разнообразного творчества. Ахтернбуш работает с относительно постоянной группой друзей-исполнителей, со своей женой Гердой и дочерьми, а также такими профессионалами, как кинооператор Йорг Шмидт-Райтвайн.Темы его фильмов коренятся в любви и ненависти к характерным особенностям баварской родины («пивной сад» , вера в авторитеты, клерикализм), в его биографии (привязанность к матери) и в его личных наваждениях. Нарушение табу принесло ему известность за пределами круга его поклонников: телевидение вырезало «непристойные» сцены; в 1981 году контрольный совет Баварского радио и телевидения протестовал против показа фильма «Привет, Бавария» , в 1983 году отказ федерального министра внутренних дел Фридриха Циммермана выделить ему уже утверждённую субсидию на фильм «Призрак» превратился в государственную аферу, в которой усмотрели попытку изменить культурно-политическую ситуацию в Западной Германии.