Марк Абрамович Аганин родился в Одессе 30 сентября (12 октября) 1876 года в мещанской семье.
В 1885 году он поступил в подготовительный класс Второй одесской гимназии, которую закончил 1894 г. с серебряной медалью.
В 1898 году закончил с дипломом первой степени математическое отделение физико-математического факультета Императорского Новороссийского университета в Одессе (сейчас — Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова).
В 1904 году окончил Санкт-Петербургский политехнический (технологический) институт.Работал лаборантом кафедры сопротивления материалов Варшавского политехнического института, где оборудовал отличную учебную и научную лабораторию (с 1904 г.), наблюдателем Магнито-метеорологической обсерватории Новороссийского университета (сейчас — Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова) (с 1906 года).
С 1908 года — преподаватель Высших женских курсов и реального училища в Одессе. Кроме того, начал читать лекции по гидрометеорологии в Новороссийском университете (сейчас — Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова) .
В 1908-1909 гг. находился на стажировке в метеорологических обсерваториях Санкт-Петербурга и Киева.
В 1910 году сдал экзамен на степень магистра физической географии.
В 1913—1914 гг. готовился к профессорскому званию в Гайдельбергском университете (Германия) в лаборатории известного физика Ленарда.
В 1915—1918 гг. руководил Павловским отделом Главной геофизической обсерватории России и преподавал на Петроградской высших женских курсах.По возвращении в Одессу занимал должность старшего физика в области земного магнетизма Одесской геофизической обсерватории и Николаевской главной обсерватории по совместительству.
С 1919 года — приват-доцент Новороссийского университета (сейчас — Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова)Звание профессора М. А. Аганин получил в 1922, тогда же он возглавил кафедру физики Одесского политехнического института. Одновременно продолжал работать в Геофизической обсерватории, которая была отделена от университета при его реорганизации.
В обсерватории профессор М. А. Аганин руководил отделом актинометрии и земного магнетизма.
В 1931—1935 гг. руководил магнитной съемкой территории Украины. Организовал магнитное измерения 1500 пунктов и впервые составил магнитную карту Украины. Провел магнитную съемку Черноморского и Азовского побережья.
В 1939 года был избран членом-корреспондентом АН УССР.1939—1940 гг. — преподавал в Одесском университете.Умер М. А. Аганин 25 декабря 1940 года в поезде, когда возвращался в Одессу после научной командировки. Похоронен в Одессе. Был специалистом по физике образованием осадков и земного магнетизма. Особенно интересовала проблема управления дождями, формирование дождевых капель. Изучал механизм слияния капель и теоретически объяснил закон Б. Келлера. Изучал образования росы и туманов, начало теорию искусственного воздействия на облака и туманы. Построил прибор для измерения излучения ночного неба.
В 1931 году восстановил регистрацию потенциала электрического поля Земли. Основал Магнитную обсерваторию в селе Степановка в 60 км от Одессы. Её открыто в 1939 году.