Александр Иванович Афиногентов родился 7 января 1957 года в городе Борисоглебске, Воронежской области.
В 1979 году окончил Тамбовское высшее военное авиационное училище лётчиков имени М. М. Расковой, в 1994 году окончил командный факультет Военно-воздушной академии им. Ю. А. Гагарина.После училища проходил службу в Белорусском, Киевском, Московском, Дальневосточном, и Приволжско-Уральском военных округах, прошёл путь от помощника командира корабля до начальника штаба — первого заместителя командующего дальней авиацией Военно-воздушных сил.За время службы освоил восемь различных типов самолётов, его общий налёт составил более 2300 часов.
В 2005 году окончил факультет переподготовки и повышения квалификации Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации.12 декабря 2005 года Указом Президента Российской Федерации присвоено воинское звание генерал-майор.
В 2012 году переведён во внутренние войска МВД России и назначен заместителем главнокомандующего внутренними войсками МВД России по авиации — начальником авиационного управления Главного командования внутренних войск МВД России.
В 2013 году присвоено воинское звание генерал-лейтенант.
С 13 октября 2016 года начальник Главного управления авиации — начальник авиации Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации.Имеет высшую квалификационную категорию лётчик-снайпер, является заслуженным военным лётчиком Российской Федерации.