Яков Иванович Афанасьев родился 24 июля 1919 года в крестьянской семье на хуторе Высоконские Дворы[ce] (по другим данным на соседнем хуторе Орешное[ce]) Курского уезда Курской губернии (ныне в Панинском сельсовете Медвенского района Курской области). Яков был младшим из троих детей Ивана и Анны Петровны Афанасьевых.После окончания техникума механизации сельского хозяйства в г. Новый Оскол работал на машино-тракторной станции.
В феврале 1940 года был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию.
В 1942 году окончил Сталинградское военное танковое училище, эвакуированное в Курган.
С декабря 1942 года — на фронтах Великой Отечественной войны.
В июле 1943 года вступил в ВКП(б).
В августе 1943 года был ранен.
К лету 1944 года старший лейтенант Афанасьев командовал танковой ротой 1-го танкового батальона 51-й гвардейской танковой бригады 6-го гвардейского танкового корпуса 3-й гвардейской танковой армии 1-го Украинского фронта. Отличился во время боёв под городом Львов.Совершив обходной манёвр, рота под командованием Афанасьева дерзким налётом освободила железнодорожную станцию в городе Судовая Вишня, перерезав тем самым железную и шоссейную дорогу Львов-Перемышль и захватив два вражеских эшелона с горючим и военным имуществом.
В дальнейшем рота Афанасьев в числе первых форсировала Вислу к югу от города Сандомир, приняв участие в захвате плацдарма на её западном берегу.Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 сентября 1944 года старший лейтенант Яков Афанасьев был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» .Во время боёв в Польше получил тяжёлое ранение, от которого скончался 16 января 1945 года.Яков Иванович Афанасьев был похоронен к городе Пшедбуж Радомщанского повята Польской Республики. Перезахоронен на мемориальном кладбище в городе Кельце Келецкого повята Свентокшиского воеводства Польши, но на мемориальных плитах его имя не увековечено и в списках известных 353 (из 4011) похороненных его тоже нет.