Джованни является воспитанником «Марилии» , откуда сдавался в аренду «Понте-Прете» и «Гремио Баруэри» . Своей игрой он привлёк внимание таких клубов, как «Фламенго» , «Интернасьонал» и «Атлетико Минейро» , а также «Бенфика» из Португалии.
В 2011 году Джованни присоединился к «Атлетико Минейро» .
В следующем году он вместе с клубом выиграл Лигу Минейро, а ещё через год — Кубок Либертадорес, в финале в серии пенальти была побеждена «Олимпия Асунсьон» . Последним на данный момент трофеем Джованни с «Атлетико» стала Рекопа Южной Америки 2014, по итогам двухматчевого противостояния, включая экстра-таймы, «Атлетико» обыграл «Ланус» .
В решающих матчах Кубка Либертадорес и Рекопы Джованни сидел в замене.