До 1902 года учился на медицинском факультете Базельского университета, где получил учёную степень доктора. Затем он обучался в лаборатории Эмиля Фишера.
С 1904 года — приват-доцент, с 1908 года — профессор физиологии и физиологической химии в Ветеринарном институте (Берлин).
В 1911 году переехал в университет Галле, на медицинском факультете которого преподавал физиологию. Во время Первой мировой войны он создал детскую больницу и организовал эвакуацию недоедающих детей в Швейцарию. Впоследствии он возобновил свои исследования в физиологической химии и начал изучать метаболизм и химию продуктов.
В 1912 году стал членом немецкой академии естественных наук «Леопольдина» в 1931—1950 годах был её президентом. После Второй мировой войны вернулся в Швейцарию и с 1946 года до своей отставки в 1948 году был заведующим кафедрой физиологической химии в Цюрихском университете. Основное направление работ Э. Абдергальдена — изучение химии и биологической роли белков, полипептидов и особенно действия ферментов и гормонов; изучал также роль и значение жиров и витаминов в питании.
В 1916 году доказал сходство естественных пептонов с полипептидами, осуществив синтез полипептида из 19 аминокислот (совместно с Эмилем Фишером).
В 1910 году открыл т. н. «реакцию Абдергальдена» , суть которой состоит в обнаружении т. н. «оборонительных ферментов» , вырабатываемых, согласно его теории, организмом при попадании в кровяное русло веществ, в норме в крови не встречающихся. Таким образом, по появлению в крови ферментов, расщепляющих ткань определенного органа, можно было бы заключать о нарушении его функции и устанавливать локализацию болезненного процесса. Наибольшее распространение реакция Абдергальдена приобрела в своё время для распознавания беременности. Однако работы более позднего времени вообще отрицали появление в крови специфических оборонительных ферментов. Немецкий исследователь en: Benno Muller-Hill доказал, что «открытие» Абдергальдена было результатом фальсификации результатов экспериментов. Тем не менее, оно было использовано некоторыми биологами-марксистами СССР как доказательство правоты их представлений о роли среды в развитии организмов.Исследования Абдергальдена были использованы в экспериментах нацистского учёного Йозефа Менгеле по анализу крови для определения «арийского» происхождения. Хотя сам Абдергальден не принимал участия в этой работе, он сыграл важную роль в изгнании учёных еврейской национальности из возглавляемой им академии — в частности, он преследовал таких выдающихся биохимиков как Ментен и Михаэлис (создателей представлений о кинетике ферментативных реакций), которые были вынуждены эмигрировать из Германии.Примечания Профиль Эмиля Абдергальдена на официальном сайте РАН Emil Abderhalden (англ.)